Dans les T.A.A.F., le lapin a fait l’objet de travaux uniquement dans les Iles Kerguelen où il a profondément modifié la végétation par ses prélèvements alimentaires et par érosion, en relation avec l’installation de ses terriers (Chapuis et al., 1994a). En sa présence, les communautés natives à Chou de Kerguelen (Pringlea antiscorbutica) et à Azorelle (Azorella selago) ont été remplacées par des communautés monospécifiques à Acaena magellanica (Boussès, 1991 ; Chapuis et al., 1994a,). Indirectement, le Lapin a affecté également les communautés aviaires, par la destruction des sites de reproduction des pétrels à nidification hypogée et par le dérangement (Brodier et al., 2011). Principale proie du chat au cours de l’hiver (Pontier et al., 2002), il permet également à ce prédateur de survivre au cours de cette saison durant laquelle la plupart des oiseaux marins sont absents. Pour réguler les populations de lapins, le virus de la myxomatose a été introduit en 1956 (Chapuis et al., 1994b). Quarante années plus tard, ce virus n’était pas encore présent sur l’ensemble de la Grande Terre en raison de l’absence de vecteurs (Cooke et al., 2004). En 1987, la Puce du lapin, Spilopsyllus cuniculi, a été introduite expérimentalement sur l’île du Cimetière (Chekchak et al., 2000). Une telle expérimentation, favorisant la circulation des virus à forte virulence, pourrait être étendue sur l’île principale afin de réduire significativement la densité en lapins (J.-L. Chapuis, com. pers.). Par ailleurs, au cours des années 1990, le Lapin a été éliminé par empoisonnement des îles Verte (1992), Guillou (1994) et aux Cochons (1997) (Chapuis et al., 2001). Sur une autre île subantarctique française, l’île Saint-Paul, il a été également éradiqué en 1997 (Micol & Jouventin, 2002). A Kerguelen, son élimination a permis le retour de certaines espèces végétales, dont le Chou de Kerguelen (Chapuis et al., 2004). Toutefois, dès le milieu des années 1990, les effets du changement climatique ont bouleversé les processus de restauration de ces îles, notamment par la fréquence des sécheresses estivales entrainant l’assèchement de l’acaena. Avec l’ouverture du milieu, des espèces végétales invasives se sont développées, notamment les pissenlits (Taraxacum spp.) et, plus récemment, les Poacées (Poa pratensis) formant des prairies monospécifiques sur de grandes surfaces dans les îles dépourvues de lapins. En sa présence, cette graminée ne parvient pas à s’installer. Ainsi, le Lapin peut être considéré actuellement comme un auxiliaire de gestion de ces îles (Chapuis et al. 2011).