Son impact sur Clipperton est non quantifiable en raison du manque de données antérieures. Il a été néanmoins montré que le Rat noir utilise l’ensemble des ressources alimentaires disponibles sur la partie terrestre de l’île mais également l’estran marin et les rives du lagon (Lorvelec & Pascal 2006). De nombreuses études ont montré que le Rat noir peut exercer une forte prédation sur de nombreux oiseaux marins et il est raisonnable de penser que c’est le cas sur Clipperton, bien que les observations fassent défaut (Lorvelec et al., 2012). Il constitue un prédateur potentiel des deux espèces de lézards présents sur l’île (Lorvelec & Pascal 2006).